Page 78 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 78
andrej perdih, katja lakota, alja prah
Slika 1. Predstavitev organske molekule nevrotransmiterja serotonina z različnimi modeli:
palični, kroglice in paličice in CPK model.
Podatke o molekuli, kot so koordinate atomov, delni naboji, povezanost atomov, topologija in
še druge lastnosti molekule, ki jih bomo spoznali, zapišemo v različnih standardnih molekulskih
formatih (ang. molecular file formats), ki jih programi za vizualizacijo lahko prikažejo. Obstaja
več različnih formatov in večina programov za modeliranje omogoča branje in zapisovanje
molekul v več zapisih. Pri bioloških makromolekulah najpogosteje uporabljamo format pdb, v
katerem so zapisane strukture v proteinski bazi PDB. Molekule organskih spojin pogosto
zapisujemo v drugih standardnih zapisih. Nekateri izmed uporabljenih formatov za zapis
molekul so: cdx (ChemDraw eXchange file), mol (MDL molfile), mol2 (SYBYL format), sdf
(structure data file), obstaja pa še precej drugih.
Primer
Zapis organske molekule adrenalina v mol2 formatu.
78
Slika 1. Predstavitev organske molekule nevrotransmiterja serotonina z različnimi modeli:
palični, kroglice in paličice in CPK model.
Podatke o molekuli, kot so koordinate atomov, delni naboji, povezanost atomov, topologija in
še druge lastnosti molekule, ki jih bomo spoznali, zapišemo v različnih standardnih molekulskih
formatih (ang. molecular file formats), ki jih programi za vizualizacijo lahko prikažejo. Obstaja
več različnih formatov in večina programov za modeliranje omogoča branje in zapisovanje
molekul v več zapisih. Pri bioloških makromolekulah najpogosteje uporabljamo format pdb, v
katerem so zapisane strukture v proteinski bazi PDB. Molekule organskih spojin pogosto
zapisujemo v drugih standardnih zapisih. Nekateri izmed uporabljenih formatov za zapis
molekul so: cdx (ChemDraw eXchange file), mol (MDL molfile), mol2 (SYBYL format), sdf
(structure data file), obstaja pa še precej drugih.
Primer
Zapis organske molekule adrenalina v mol2 formatu.
78
