Page 73 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 73
strukture bioloških molekul
uporabo različnih empiričnih potencialnih funkcij in optimizacijskih algoritmov, ki jih bomo
spoznali v nadaljevanju. Tudi končni rezultat vedno predstavimo kot družino možnih
konformacij proteinske strukture (Slika 11B).
A
B
Slika 11. (A) Ideja za gradnjo 3D molekulskega modela z upoštevanjem pridobljenih
geometrijskih omejitev. (B) Z NMR spektroskopijo pridobljena 3D struktura proteina je vedno
predstavljena kot družina možnih 3D struktur. Na levi je bolj fleksibilen protein, ki lahko obstaja
v več različnih konformacijah, na desni pa protein z bolj rigidno strukturo.
Kvaliteto dobljenih 3D strukture proteina moramo na koncu še ovrednotiti in validirati. Na
splošno bo kvaliteta modela odvisna od količine in kakovosti eksperimentalnih NMR podatkov,
ki smo jih uporabili za njegovo generiranje, ter pravilne interpretacije teh podatkov. V praksi ni
"standardnega proteina", s katerim bi primerjali dobljeni model. Zato je natančnost podana
glede na stopnjo ujemanja modela in nabora eksperimentalnih podatkov.
Za oceno kvalitete dobljene 3D strukture lahko izračunamo RMSD (ang. root-mean square
distance) vrednosti za glavno proteinsko verigo ter tudi za njene stranske verige za vse dobljene
rešitve. Kot bomo to podrobneje spoznali v prihodnjem poglavju, je RMSD povezan s
standardno deviacijo atomov, ki jih primerjamo, in predstavlja parameter za 3D primerjavo
konformacij. Večinoma velja kriterij, da mora biti RMSD glavne verige manjši od 0.5 Å pri vseh
konformacijah, pri čemer so vrednosti za stranske verige lahko precej večje (več kot 1 Å). Prav
tako kot pri proteinski kristalografiji lahko tudi tu izračunamo Ramachandranov diagram, ki
73
uporabo različnih empiričnih potencialnih funkcij in optimizacijskih algoritmov, ki jih bomo
spoznali v nadaljevanju. Tudi končni rezultat vedno predstavimo kot družino možnih
konformacij proteinske strukture (Slika 11B).
A
B
Slika 11. (A) Ideja za gradnjo 3D molekulskega modela z upoštevanjem pridobljenih
geometrijskih omejitev. (B) Z NMR spektroskopijo pridobljena 3D struktura proteina je vedno
predstavljena kot družina možnih 3D struktur. Na levi je bolj fleksibilen protein, ki lahko obstaja
v več različnih konformacijah, na desni pa protein z bolj rigidno strukturo.
Kvaliteto dobljenih 3D strukture proteina moramo na koncu še ovrednotiti in validirati. Na
splošno bo kvaliteta modela odvisna od količine in kakovosti eksperimentalnih NMR podatkov,
ki smo jih uporabili za njegovo generiranje, ter pravilne interpretacije teh podatkov. V praksi ni
"standardnega proteina", s katerim bi primerjali dobljeni model. Zato je natančnost podana
glede na stopnjo ujemanja modela in nabora eksperimentalnih podatkov.
Za oceno kvalitete dobljene 3D strukture lahko izračunamo RMSD (ang. root-mean square
distance) vrednosti za glavno proteinsko verigo ter tudi za njene stranske verige za vse dobljene
rešitve. Kot bomo to podrobneje spoznali v prihodnjem poglavju, je RMSD povezan s
standardno deviacijo atomov, ki jih primerjamo, in predstavlja parameter za 3D primerjavo
konformacij. Večinoma velja kriterij, da mora biti RMSD glavne verige manjši od 0.5 Å pri vseh
konformacijah, pri čemer so vrednosti za stranske verige lahko precej večje (več kot 1 Å). Prav
tako kot pri proteinski kristalografiji lahko tudi tu izračunamo Ramachandranov diagram, ki
73
