Page 97 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 97
strukture bioloških molekul
Primer
Torzijski potencial sterično ovirane C-C vezi organske molekule
Poglejmo si primer konformacijske analize okrog označene C-C vezi, ki povezuje oba fenilna
obroča spodaj prikazane geometrijsko optimizirane konformacije organske molekule. Po rotaciji
okrog izbrane C-C vezi narišemo graf energije posameznih konformacij pri različnih vrednostih
torzijskega kota, ki ga poleg obeh ogljikovih atomov tvorita še oba sosednja ogljika. Dobimo
torzijski potencial okrog izbranega torzijskega kota. Iz grafa opazimo, da konformacije, kjer je
vrednost torzijskega kota med 0° in 60° ter med 170° in 240°, tej molekuli niso dostopne, saj
imajo le-te visoko vrednost potencialne energije. Za ostale vrednosti torzijskega kota pa je
rotacija okrog izbrane C-C vezi prosta.
Med rotacijo okrog torzijskega kota lahko z merjenjem razdalj med poljubnima atomoma tudi
ugotovimo, kako ugodna je energija v posamezni poziciji. Ta informacija je pomembna v
primerih, ko je določena razdalja med funkcionalnima skupinama v molekuli ključna za uspešno
medmolekulsko prepoznavo in biološko delovanje, in tako lahko ocenimo, kako ugodna je ta
lega za preiskovano molekulo.
97
Primer
Torzijski potencial sterično ovirane C-C vezi organske molekule
Poglejmo si primer konformacijske analize okrog označene C-C vezi, ki povezuje oba fenilna
obroča spodaj prikazane geometrijsko optimizirane konformacije organske molekule. Po rotaciji
okrog izbrane C-C vezi narišemo graf energije posameznih konformacij pri različnih vrednostih
torzijskega kota, ki ga poleg obeh ogljikovih atomov tvorita še oba sosednja ogljika. Dobimo
torzijski potencial okrog izbranega torzijskega kota. Iz grafa opazimo, da konformacije, kjer je
vrednost torzijskega kota med 0° in 60° ter med 170° in 240°, tej molekuli niso dostopne, saj
imajo le-te visoko vrednost potencialne energije. Za ostale vrednosti torzijskega kota pa je
rotacija okrog izbrane C-C vezi prosta.
Med rotacijo okrog torzijskega kota lahko z merjenjem razdalj med poljubnima atomoma tudi
ugotovimo, kako ugodna je energija v posamezni poziciji. Ta informacija je pomembna v
primerih, ko je določena razdalja med funkcionalnima skupinama v molekuli ključna za uspešno
medmolekulsko prepoznavo in biološko delovanje, in tako lahko ocenimo, kako ugodna je ta
lega za preiskovano molekulo.
97
