Page 112 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

andrej perdih, katja lakota, alja prah

Naj kot zanimivost omenimo, da obstajajo tudi metode virtualnega rešetanja, kjer pri rešetanju
knjižnic ne uporabljamo tridimenzionalnih struktur, ampak npr. topološko dvodimenzionalno
predstavitev molekul, molekulska interakcijska polja ter še druge pristope.
V drugem koraku virtualnega rešetanja opredelimo robne pogoje, ki jim mora virtualna
molekula zadostiti, da bo v procesu rešetanja identificirana kot potencialni zadetek. Poznamo
dve skupini metod virtualnega rešetanja.

1. Pri načrtovanju in iskanju novih biološko aktivnih spojin lahko za načrtovanje
uporabimo dosegljive podatke o tridimenzionalni strukturi tarče ali kompleksa tarče z
ligandom. Takemu pristopu pravimo načrtovanje na osnovi strukture tarče (ang.
Structure-Based Drug Design - SBDD).

2. Druga možnost pa je, da robne pogoje postavimo na osnovi strukture in lastnosti
poznanih aktivnih ligandov. To je načrtovanje na osnovi aktivnih ligandov (ang. Ligand-
Based Drug Design - LBDD).

Oba pristopa se med seboj lahko tudi dopolnjujeta ter uporabljata sočasno. Kateri pristop
izberemo, je odvisno od konkretnega obravnavanega primera in eksperimentalnih podatkov,
ki jih imamo na voljo. Glavna metoda načrtovanja na osnovi strukture tarče je molekulsko
sidranje, pri načrtovanju na osnovi aktivnih ligandov pa se najpogosteje uporabljajo
tridimenzionalni farmakoforni modeli.

112