Page 136 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

andrej perdih, katja lakota, alja prah

Mapa vsebuje veliko informacij, zato jo bomo v nadaljevanju zmanjšali, preizkusili bomo tudi
različne nivoje gostote mape.
Navadno se vrednosti nivojev kontur predstavi v absolutni vrednosti elektronov na kubični Å
(Å3). Kliknemo na »A« zraven imena 2JFF.map.mesh in izberemo »level 2.0«. S tem se bo
spremenila gostota v grafičnem oknu. Po želji lahko za naš izbrani primer spreminjamo
vrednosti nivojev gostote od -2 do +5, največjo gostoto vidimo pri nivoju 0. Za potrebe
nadaljnjih nalog bomo nastavili nivo na vrednost 2.

3. ZMANJŠANJE OBMOČJA PRIKAZA MAPE ELEKTRONSKE GOSTOTE

V meniju »File/Open« odpremo 2JFF.pdb. PyMOL avtomatsko poveča lokacijo naloženih
atomskih koordinat strukture. Struktura je delno prekrita z mapo elektronske gostote, ki jo
bomo v nadaljevanju delno odstranili.
V ukazno vrstico vtipkamo ukaz »select site, 2JFF«.

In nato še ukaz »isomesh map, 2JFF.map, 2.0, site, carve=1.6«. S tema dvema ukazoma smo
najprej izbrali področje prikaza (»site« se nanaša na celotni protein), prikazali mapo okoli

136