Page 140 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 140
andrej perdih, katja lakota, alja prah
V tej vaji si bomo na praktičnem primeru proteina beta-laktamaze (β-laktamaze) ogledali na
kakšne načine lahko vizualiziramo 3D proteinske strukture. β-laktamaze so bakterijski encimi,
ki omogočajo bakterijam odpornost pred β-laktamskimi antibiotiki kot so penicilini,
cefalosporini in karbapenemi. Delujejo tako, da razgradijo β-laktamsko strukturo antibiotikov.
V procesu hidrolize razcepijo štiričlenski β-laktamski obroč in tako izničijo antibakterijske
lastnosti antibiotika. Kristalna struktura 1SHV proteina, ki jo bomo uporabili kot modelni sistem
v pričujočih navodilih, je prosto dostopna na spletni strani PDB in vključuje kokristaliziran
ligand, na katerem bomo prikazali vizualizacijo medmolekulskih interakcij. Na praktičnem
primeru si bomo ogledali tudi prileganje različnih 3D struktur proteinov. Vizualizacijo in
prileganje makromolekule bomo predstavili v programu Chimera.
1. NALAGANJE PDB STRUKTURNE DATOTEKE 1SHV v Chimero
Najprej naložimo program Chimera iz spletnega naslova:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html.
Nato v meniju Chimere kliknemo na »File/Fetch by ID«. V nadaljevanju izberemo PDB
podatkovno bazo, vnesemo kodo »1SHV« in kliknemo »Fetch«. Program bo iz podatkovne baze
PDB avtomatsko naložil želeno strukturo. Na zaslonu se bo prikazal spodnji izborni meni.
In nato vidimo naloženo strukturo v Chimeri kot to prikazuje spodnja slika.
140
V tej vaji si bomo na praktičnem primeru proteina beta-laktamaze (β-laktamaze) ogledali na
kakšne načine lahko vizualiziramo 3D proteinske strukture. β-laktamaze so bakterijski encimi,
ki omogočajo bakterijam odpornost pred β-laktamskimi antibiotiki kot so penicilini,
cefalosporini in karbapenemi. Delujejo tako, da razgradijo β-laktamsko strukturo antibiotikov.
V procesu hidrolize razcepijo štiričlenski β-laktamski obroč in tako izničijo antibakterijske
lastnosti antibiotika. Kristalna struktura 1SHV proteina, ki jo bomo uporabili kot modelni sistem
v pričujočih navodilih, je prosto dostopna na spletni strani PDB in vključuje kokristaliziran
ligand, na katerem bomo prikazali vizualizacijo medmolekulskih interakcij. Na praktičnem
primeru si bomo ogledali tudi prileganje različnih 3D struktur proteinov. Vizualizacijo in
prileganje makromolekule bomo predstavili v programu Chimera.
1. NALAGANJE PDB STRUKTURNE DATOTEKE 1SHV v Chimero
Najprej naložimo program Chimera iz spletnega naslova:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html.
Nato v meniju Chimere kliknemo na »File/Fetch by ID«. V nadaljevanju izberemo PDB
podatkovno bazo, vnesemo kodo »1SHV« in kliknemo »Fetch«. Program bo iz podatkovne baze
PDB avtomatsko naložil želeno strukturo. Na zaslonu se bo prikazal spodnji izborni meni.
In nato vidimo naloženo strukturo v Chimeri kot to prikazuje spodnja slika.
140
