Page 137 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 137
strukture bioloških molekul
proteina in ustvarili gumb »map«. V oknu z gumbi na desni strani kliknemo na
»2JFF.map.mesh« in s tem skrijemo večji del mape, ostane nam še mapa okoli proteina:
Na sliki je označen lizin 420 - Lys420.
Z ukazom zraven gumba »map« »A/level/level« spremenimo nivoje gostote od 1,5 do 0,5 in
približamo aminokislino lizin 420. S tem prikažemo različne mape elektronske gostote v
odvisnosti od nivoja mape:
4. PRIKAZ LOKALNE POVRŠINE
Nivo mape nastavimo na 0.5 z zraven gumba »map« »A/level/level 0.5«. Izberemo segment α-
vijačnice z ukazom v ukazni vrstici »select local, resi 422-436« in vtipkamo še »isomesh
local_map, 2JFF.map, 1.0, local, carve=1.6«. Ustvarita se dva nova gumba »local« in
»local_map«. S klikom na gumb »map« skrijemo map in ostane le elektronska mapa okrog
izbranega segmenta α-vijačnice,
137
proteina in ustvarili gumb »map«. V oknu z gumbi na desni strani kliknemo na
»2JFF.map.mesh« in s tem skrijemo večji del mape, ostane nam še mapa okoli proteina:
Na sliki je označen lizin 420 - Lys420.
Z ukazom zraven gumba »map« »A/level/level« spremenimo nivoje gostote od 1,5 do 0,5 in
približamo aminokislino lizin 420. S tem prikažemo različne mape elektronske gostote v
odvisnosti od nivoja mape:
4. PRIKAZ LOKALNE POVRŠINE
Nivo mape nastavimo na 0.5 z zraven gumba »map« »A/level/level 0.5«. Izberemo segment α-
vijačnice z ukazom v ukazni vrstici »select local, resi 422-436« in vtipkamo še »isomesh
local_map, 2JFF.map, 1.0, local, carve=1.6«. Ustvarita se dva nova gumba »local« in
»local_map«. S klikom na gumb »map« skrijemo map in ostane le elektronska mapa okrog
izbranega segmenta α-vijačnice,
137
