Page 152 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

andrej perdih, katja lakota, alja prah

Shranite si njegovo FASTA zaporedje (klik na Download - FASTA (complete sequence) kot
predloga.txt.

BLAST vam že ponudi poravnavo tarčnega zaporedja (Query, 1. vrstica) s predlogo (Sbjct oz.
Subject, 3. vrstica). Sredinska vrstica je informacija o kvaliteti ujemanja med obema
zaporedjema. Izpisana črka pomeni popolno ujemanje med zaporedjema, znak + pomeni, da
se aminokislini ne ujemata, vendar sta istega tipa, presledek pa pomeni, da ujemanja na tistem
mestu ni.
Na podoben način si poravnavo lahko ogledamo s programom ClustalOmega
(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/). V prazen kvadratek najprej nalepite zaporedje
svojega neznanega proteina skupaj z identifikacijsko vrstico, ki se prične z >. Takoj za tem
prilepite še zaporedje svoje izbrane predloge, prav tako skupaj z identifikacijsko vrstico. Pod
Output Format naj bo izbran ClustalW with character counts. Kliknite na Submit.

152