Page 149 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

strukture bioloških molekul

Prva vrstica ponavadi služi podajanju informacij o zaporedju. Preostanek predstavlja
aminokislinsko zaporedje v enočrkovnem zapisu. Slovar enočrkovnega zapisa je sledeč:

A G I L P
alanin glicin izolevcin levcin prolin

V F W Y D
valin fenilalanin triptofan tirozin asparaginska kislina

E R H K S
glutaminska kislina arginin histidin lizin serin
T C M N Q
treonin cistein metionin asparagin glutamin

Najprej moramo poiskati primerno predlogo z znano 3D strukturo, ki se čimbolj ujema z našim
neznanim proteinom, na podlagi katere bomo lahko zgradili naš model. Eno izmed najbolj
popularnih orodij, ki nam omogoča primerjavo aminokislinskih zaporedij, je že omenjeni BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool). Pojdite na BLAST spletno stran
(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) in kliknite na Protein BLAST.

V zgornji kvadratek prilepite zaporedje vašega neznanega proteina. Ker želimo naše zaporedje
primerjati le z zaporedji, ki že imajo znano 3D strukturo, pod razdelkom Database izberite
možnost Protein Data Bank proteins (pdb). Protein Data Bank je namreč največja baza
eksperimentalno določenih proteinskih struktur. Ostalo lahko ostane nespremenjeno.
Pritisnite tipko BLAST.

149