Page 153 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

strukture bioloških molekul

Ko se račun zaključi, kliknite na Show Colors. Podobno kot pri BLAST-u, so tukaj popolna
ujemanja označena z *, z znakom : so označene aminokisline, ki se sicer ne ujemanjo popolno,
pripadajo pa istemu tipu, z znakom . pa so označene aminokisline, ki so si nekoliko podobne.

Legenda barv je sledeča:

Rdeča MAIFVLWP majhne in hidrofobne aminokisline
Modra ED kisle aminoskisline
Zelena NQSGHTYC aminokisline s hidroksi, sulfhidrilno, amino skupino +
glicin
Roza KR bazične aminokisline
Siva drugo nenavadne aminokisline

Kliknite na Download Alignment File in skopirajte rezultat v .txt dokument z imenom
poravnava.txt.

Sedaj se lahko lotimo izgradnje našega 3D modela proteina. Za to bi lahko uporabili veliko
različnih orodij, kot so Modeller, Swiss-Model, MOE, Phyre2, Prime, itd. Pri vaji bomo uporabili
Swiss-Model (https://swissmodel.expasy.org/). Pojdite na spletno stran in kliknite Start
Modelling. Na desni izberite Target-Template Alignment. (Swiss-Model ima tudi možnost
avtomatske izgradnje modela, samo na podlagi zaporedja tarčne strukture z enim klikom. Ta
opcija bi na vašem primeru verjetno delovala, v praksi pa je pametnejša previdnost na vsakem
koraku.)

153