Page 150 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 150
andrej perdih, katja lakota, alja prah
Po nekaj trenutkih boste dobili seznam proteinov, ki se z vašim najbolje ujemajo - vsak je
identificiran s svojo 4-znakovno PDB kodo. Razvrščeni so po E (expectation) vrednosti. Bliže kot
je ta vrednost 0, večja je stopnja ujemanja med vašim tarčnim proteinom in posameznim
zadetkom. Kot omenjeno, je kvaliteta zgrajenega modela izjemno odvisna od stopnje ujemanja
med tarčnim zaporedjem in predlogo, zato moramo pri izbiri primerne predloge biti izjemno
pazljivi. Opazili boste, da se vaše tarčno zaporedje zelo dobro ujema s kar nekaj najdenimi
zaporedji, zato bo v tem primeru uporaba homolognega modeliranja neproblematična.
V praksi je tako visoka stopnja ujemanja redka. Praviloma za izgradnjo modela naj ne bi
uporabljali predlog, ki imajo E vrednost večjo od 1 oz. predlog, ki imajo manj kot 30 % stopnjo
ujemanja z našim tarčnim proteinom.
Poleg tega moramo biti pozorni še na sledeče:
• Ali je bila struktura določena s proteinsko kristalografijo? Strukture določene z NMR
spektroskopijo ali s krioelektronsko mikroskopijo imajo namreč ponavadi znatno manjšo
resolucijo.
• So v izbrani strukturi določene pozicije vseh atomov?
• Ali ima izbrana struktura najboljšo resolucijo med najdenimi zadetki? Dobra resolucija za
membranske proteine je okoli 2 Å ali manj, za ostale pa okoli 1 Å ali manj.
• Je struktura holoprotein (protein skupaj s kofaktorjem) ali apoprotein (protein brez
kofaktorja)?
• Če želimo uporabljati model za sidranje zdravilnih učinkovin - ali je vezavno mesto dobro
ohranjeno?
Najbolje je, da si strukturo izbranega proteina podrobno ogledamo s kakšnim od prej
omenjenih programov za vizualizacijo (npr. PyMOL, Chimera, VMD, ipd.). Hkrati je vedno, ko
delamo s kakšno eksperimentalno določeno strukturo, potrebno prebrati tudi pripadajoči
objavljeni raziskovalni članek, da pridobimo več informacij.
150
Po nekaj trenutkih boste dobili seznam proteinov, ki se z vašim najbolje ujemajo - vsak je
identificiran s svojo 4-znakovno PDB kodo. Razvrščeni so po E (expectation) vrednosti. Bliže kot
je ta vrednost 0, večja je stopnja ujemanja med vašim tarčnim proteinom in posameznim
zadetkom. Kot omenjeno, je kvaliteta zgrajenega modela izjemno odvisna od stopnje ujemanja
med tarčnim zaporedjem in predlogo, zato moramo pri izbiri primerne predloge biti izjemno
pazljivi. Opazili boste, da se vaše tarčno zaporedje zelo dobro ujema s kar nekaj najdenimi
zaporedji, zato bo v tem primeru uporaba homolognega modeliranja neproblematična.
V praksi je tako visoka stopnja ujemanja redka. Praviloma za izgradnjo modela naj ne bi
uporabljali predlog, ki imajo E vrednost večjo od 1 oz. predlog, ki imajo manj kot 30 % stopnjo
ujemanja z našim tarčnim proteinom.
Poleg tega moramo biti pozorni še na sledeče:
• Ali je bila struktura določena s proteinsko kristalografijo? Strukture določene z NMR
spektroskopijo ali s krioelektronsko mikroskopijo imajo namreč ponavadi znatno manjšo
resolucijo.
• So v izbrani strukturi določene pozicije vseh atomov?
• Ali ima izbrana struktura najboljšo resolucijo med najdenimi zadetki? Dobra resolucija za
membranske proteine je okoli 2 Å ali manj, za ostale pa okoli 1 Å ali manj.
• Je struktura holoprotein (protein skupaj s kofaktorjem) ali apoprotein (protein brez
kofaktorja)?
• Če želimo uporabljati model za sidranje zdravilnih učinkovin - ali je vezavno mesto dobro
ohranjeno?
Najbolje je, da si strukturo izbranega proteina podrobno ogledamo s kakšnim od prej
omenjenih programov za vizualizacijo (npr. PyMOL, Chimera, VMD, ipd.). Hkrati je vedno, ko
delamo s kakšno eksperimentalno določeno strukturo, potrebno prebrati tudi pripadajoči
objavljeni raziskovalni članek, da pridobimo več informacij.
150
