Page 154 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 154
andrej perdih, katja lakota, alja prah
V zgornji kvadratek prilepite celotno vsebino vašega dokumenta poravnava.txt. Po želji lahko
vnesete tudi ime projekta in svoj email naslov. Kliknite na Build Model. Po nekaj trenutkih boste
dobili vaš homologni model. Na desni strani si lahko ogledate zgrajeno 3D strukturo, na levi pa
povzetek rezultatov.
QMEAN Z-vrednost (na zgornji sliki označena s črko A) predstavlja splošno oceno kvalitete
modela in jo lahko podamo za cel protein ali za posamezne aminokislinske preostanke.
Osnovana je na globalni primerjavi nekaterih lastnosti (zbranih na sliki Global Quality Estimate,
označeno s črko B) eksperimentalno določenih proteinskih struktur z našim modelom. QMEAN
vrednost pod -4 praviloma pomeni, da je celoten model izjemno nezanesljiv. Ponavadi pa je še
bolj pomembno, kako zanesljivi so določeni predeli modela.
Graf Local Quality Estimate (označeno s črko C) ima na abscisi navedene aminokislinske
preostanke, na ordinati pa lokalno podobnost z eksperimentalnimi strukturami. Bliže kot je ta
vrednost 1, bolje je. Deli našega modela, kjer y vrednost pade po 0. 6 nakazujejo regije z nizko
zanesljivostjo. Tako lahko npr. kljub nezanesljivosti celotnega modela, njegovo vezavno mesto
modeliramo z visoko zanesljivostjo.
Pri zadnjem grafu (Comparison, označeno s črko D) na x osi najdemo dolžino proteina (skupno
število aminokislinskih preostankov), na y osi pa normalizirano QMEAN vrednost. Vsaka točka
prikazuje eno eksperimetnalno proteinsko strukturo. Najtemnejše točke so eksperimentalne
strukture z normalizirano QMEAN vrednostjo znotraj ene standardne deviacije od povprečja.
Naš model je označen z rdečo zvezdico.
Čisto spodaj vidimo poravnavo našega tarčnega zaporedja z izbrano predlogo (označeno s črko
E). Če kliknete na majhno ikono na levi strani, lahko zaporedje poljubno obarvate, med
drugim tudi z opcijo Clustal, kot smo naredili že prej. Barvna shema QMEAN pa obarva
zaporedje in tudi 3D reprezentacijo na desni strani glede na izračunano lokalno QMEAN
154
V zgornji kvadratek prilepite celotno vsebino vašega dokumenta poravnava.txt. Po želji lahko
vnesete tudi ime projekta in svoj email naslov. Kliknite na Build Model. Po nekaj trenutkih boste
dobili vaš homologni model. Na desni strani si lahko ogledate zgrajeno 3D strukturo, na levi pa
povzetek rezultatov.
QMEAN Z-vrednost (na zgornji sliki označena s črko A) predstavlja splošno oceno kvalitete
modela in jo lahko podamo za cel protein ali za posamezne aminokislinske preostanke.
Osnovana je na globalni primerjavi nekaterih lastnosti (zbranih na sliki Global Quality Estimate,
označeno s črko B) eksperimentalno določenih proteinskih struktur z našim modelom. QMEAN
vrednost pod -4 praviloma pomeni, da je celoten model izjemno nezanesljiv. Ponavadi pa je še
bolj pomembno, kako zanesljivi so določeni predeli modela.
Graf Local Quality Estimate (označeno s črko C) ima na abscisi navedene aminokislinske
preostanke, na ordinati pa lokalno podobnost z eksperimentalnimi strukturami. Bliže kot je ta
vrednost 1, bolje je. Deli našega modela, kjer y vrednost pade po 0. 6 nakazujejo regije z nizko
zanesljivostjo. Tako lahko npr. kljub nezanesljivosti celotnega modela, njegovo vezavno mesto
modeliramo z visoko zanesljivostjo.
Pri zadnjem grafu (Comparison, označeno s črko D) na x osi najdemo dolžino proteina (skupno
število aminokislinskih preostankov), na y osi pa normalizirano QMEAN vrednost. Vsaka točka
prikazuje eno eksperimetnalno proteinsko strukturo. Najtemnejše točke so eksperimentalne
strukture z normalizirano QMEAN vrednostjo znotraj ene standardne deviacije od povprečja.
Naš model je označen z rdečo zvezdico.
Čisto spodaj vidimo poravnavo našega tarčnega zaporedja z izbrano predlogo (označeno s črko
E). Če kliknete na majhno ikono na levi strani, lahko zaporedje poljubno obarvate, med
drugim tudi z opcijo Clustal, kot smo naredili že prej. Barvna shema QMEAN pa obarva
zaporedje in tudi 3D reprezentacijo na desni strani glede na izračunano lokalno QMEAN
154
