Page 119 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

strukture bioloških molekul

Slika 6. Postopek grajenja (A) na strukturi temelječih farmakofornih modelov in (B) na ligandih
temelječih farmakofornih modelov.
Pri virtualnem rešetanju zgrajeni farmakoforni model predstavlja robne pogoje, ki jih mora
virtualna molekula izpolniti, da bo upoštevana kot potencialni zadetek. Največkrat ocenjujemo
ujemanje molekul z različnimi metodami prileganja. Prileganje spojine na postavljeni
farmakofor je lahko točkovno, v tem primeru je kriterij kakovosti prileganja kar tudi kar RMSD
parameter, lahko pa temelji na osnovi prileganja lastnosti, kot so npr. elektrostatski potencial,
elektronska gostota, volumen, oblika molekule itd. Razvite pa so bile tudi farmakoforne cenilne
funkcije, ki pomagajo razvrstiti spojine, ki jih posamezni farmakofor prepozna kot ugodne.
Farmakoforne modele validiramo z nizi spojin z znanimi podatki o biološki aktivnosti ali pa
poskušamo z njim reproducirati biološko konformacijo, če je le-ta znana. Rezultate virtualnega
rešetanja na koncu še ovrednotimo z različnimi farmakofornimi cenilnimi funkcijami, od RMSD
kriterija do različnih kompleksnejših geometrijskih kriterijev. Grafični prikaz in kritična analiza
rezultatov pomagata izbrati najbolj obetavne spojine, ki jim tudi eksperimentalno ovrednotimo
biološko aktivnost.

119