Page 122 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 122
andrej perdih, katja lakota, alja prah
V grobem lahko razdelimo podatke, ki so zbrani v podatkovnih bazah, na:
1. Podatke o zaporedjih (1D) iz katerih lahko delamo analizo poravnav zaporedij pri
različnih organizmih, iščemo motive ipd.
2. Strukturne podatke (3D podatki, uporabljajo računalniško grafiko) – iz njih napovedujejo
funkcijo, vezavna mesta, pomagajo klasificirati podatke, določiti/razložiti lastnosti
molekule, narediti napovedi in simulacije vezav, molekulskega gibanja ipd. S tem
poskušamo razumeti funkcijo posamezne molekule in učinke modifikacij nativne oblike.
V kolikor 3D oblika ni znana, lahko s strukturno bioinformatiko napovemo nativno obliko
molekul.
3. Prisotnost/izražanje RNA, metabolitov v posamezni celici, celičnem modelu, organu
(analize izražanja na mikročipih, masna spektrometrija) - nam pomaga razumeti, kako
potekajo posamezni celični procesi, kako bolezenski procesi ali posamezne spojine
spremenijo ravnotežje v celotnem biološkem sistemu, primerjati množico odzivov
(signatures) in na podlagi tega napovedovati/razložiti učinke.
1. SPLETNE PODATKOVNE BAZE PROTEINSKE STRUKTURE
PDB (Protein Data Bank) je podatkovna baza 3D struktur proteinov in njihovih kompleksov in je
bila ustanovljena leta 1971. Vsebuje več kot 160.000 struktur bioloških makromolekul. Podatke
"deponirajo" raziskovalci in so prosto dostopni na spletu. Večina revij, ki objavlja strukture
bioloških makromolekul zahteva, da so strukture deponirane v PDB.
V iskalnik vpišite pojem 'TLR3' in izberite enega od zadetkov. Na prvi strani so podatki o tem
kdo, kdaj in s kakšno metodo je določil 3D strukturo izbranega proteina.
122
V grobem lahko razdelimo podatke, ki so zbrani v podatkovnih bazah, na:
1. Podatke o zaporedjih (1D) iz katerih lahko delamo analizo poravnav zaporedij pri
različnih organizmih, iščemo motive ipd.
2. Strukturne podatke (3D podatki, uporabljajo računalniško grafiko) – iz njih napovedujejo
funkcijo, vezavna mesta, pomagajo klasificirati podatke, določiti/razložiti lastnosti
molekule, narediti napovedi in simulacije vezav, molekulskega gibanja ipd. S tem
poskušamo razumeti funkcijo posamezne molekule in učinke modifikacij nativne oblike.
V kolikor 3D oblika ni znana, lahko s strukturno bioinformatiko napovemo nativno obliko
molekul.
3. Prisotnost/izražanje RNA, metabolitov v posamezni celici, celičnem modelu, organu
(analize izražanja na mikročipih, masna spektrometrija) - nam pomaga razumeti, kako
potekajo posamezni celični procesi, kako bolezenski procesi ali posamezne spojine
spremenijo ravnotežje v celotnem biološkem sistemu, primerjati množico odzivov
(signatures) in na podlagi tega napovedovati/razložiti učinke.
1. SPLETNE PODATKOVNE BAZE PROTEINSKE STRUKTURE
PDB (Protein Data Bank) je podatkovna baza 3D struktur proteinov in njihovih kompleksov in je
bila ustanovljena leta 1971. Vsebuje več kot 160.000 struktur bioloških makromolekul. Podatke
"deponirajo" raziskovalci in so prosto dostopni na spletu. Večina revij, ki objavlja strukture
bioloških makromolekul zahteva, da so strukture deponirane v PDB.
V iskalnik vpišite pojem 'TLR3' in izberite enega od zadetkov. Na prvi strani so podatki o tem
kdo, kdaj in s kakšno metodo je določil 3D strukturo izbranega proteina.
122
