Page 124 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 124
andrej perdih, katja lakota, alja prah
Vpišite v PDB receptor TLR3 (človeška ektodomena; PDB koda 1ZIW) in poiščite odgovore na
naslednja vprašanja.
• Kdaj, s katero metodo in s kakšno resolucijo je bila struktura določena?
• Kakšen je % vijačnic in beta ravnin in koliko aminokislinskih ostankov obsega?
• Koliko strukturam je podoben po sekvenci in koliko po strukturi, kateri sekvenci (PDB
koda) je najbolj podoben in koliko je RMSD prileganja?
2. SPLETNE PODATKOVNE BAZE INTERAKCIJ MED PROTEINI
Napovedovanje interakcij med proteini je področje, ki vključuje tako bioinformatiko kot tudi
strukturno biologijo za identifikacijo interakcij med pari ali skupinami proteinov. Razumevanje
interakcij med proteini je pomembno pri preučevanju medceličnega prepoznavanja,
modeliranju proteinskih kompleksov in posledično za razumevanje številnih biokemijskih
procesov.
Poiskali bomo interakcije tollu podobnega receptorja 3 (»Toll-like receptor 3« – TLR3),
pomembnemu proteinu imunskega sistema, ki igra ključno vlogo pri prepoznavanju patogenov
in aktivaciji imunskega sistema. V spletno podatkovno bazo interakcij proteinov MINT
(»Molecular Interaction Database«: http://mint.bio.uniroma2.it/) v iskalno polje vtipkamo
kratico proteina TLR3 in kliknemo Search. Prikažejo se nam podatki o interakcijah proteina
TLR3.
124
Vpišite v PDB receptor TLR3 (človeška ektodomena; PDB koda 1ZIW) in poiščite odgovore na
naslednja vprašanja.
• Kdaj, s katero metodo in s kakšno resolucijo je bila struktura določena?
• Kakšen je % vijačnic in beta ravnin in koliko aminokislinskih ostankov obsega?
• Koliko strukturam je podoben po sekvenci in koliko po strukturi, kateri sekvenci (PDB
koda) je najbolj podoben in koliko je RMSD prileganja?
2. SPLETNE PODATKOVNE BAZE INTERAKCIJ MED PROTEINI
Napovedovanje interakcij med proteini je področje, ki vključuje tako bioinformatiko kot tudi
strukturno biologijo za identifikacijo interakcij med pari ali skupinami proteinov. Razumevanje
interakcij med proteini je pomembno pri preučevanju medceličnega prepoznavanja,
modeliranju proteinskih kompleksov in posledično za razumevanje številnih biokemijskih
procesov.
Poiskali bomo interakcije tollu podobnega receptorja 3 (»Toll-like receptor 3« – TLR3),
pomembnemu proteinu imunskega sistema, ki igra ključno vlogo pri prepoznavanju patogenov
in aktivaciji imunskega sistema. V spletno podatkovno bazo interakcij proteinov MINT
(»Molecular Interaction Database«: http://mint.bio.uniroma2.it/) v iskalno polje vtipkamo
kratico proteina TLR3 in kliknemo Search. Prikažejo se nam podatki o interakcijah proteina
TLR3.
124
