Page 125 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 125
strukture bioloških molekul
Spletni program je našel interakcije TLR3 proteina, zraven lahko vidimo vrsto interakcije in
eksperimentalno metodo, s katero je bila interakcija določena. S klikom na PubMed kodo
dobimo tudi povezavo do članka, kjer je bila eksperimentalna študija o interakcijah objavljena.
Podobno orodje je tudi STRING (https://string-db.org/), ki podaja funkcijske povezave med
proteini. Vnesemo lahko en protein ali skupino, izberemo organizem in kliknemo Search.
Rezultati pod zavihkom Analysis ponudijo podatke o GO razvrstitvi prikazane mreže in o KEGG
ter Reactome poteh, v katere je vključena prikazana družina proteinov. V zavihku Settings lahko
nastavimo ali želimo samo eksperimentalno potrjene interakcije, take ki jih predlaga ko-
ekspresija ipd. Prav tako lahko za povezovalne črte med posameznimi proteini tukaj nastavimo
pomen (tip interakcije, stopnja zaupanja, da interakcija obstaja).
V MINT in STRING vpišite TLR3.
• Koliko različnih interakcijskih partnerjev najde vsak program?
• Ali je katera od KEGG/REACTOME poti pomembno povezana z prikazanimi proteini?
• Kje v celici se nahajajo proteini iz funkcijske mreže?
125
Spletni program je našel interakcije TLR3 proteina, zraven lahko vidimo vrsto interakcije in
eksperimentalno metodo, s katero je bila interakcija določena. S klikom na PubMed kodo
dobimo tudi povezavo do članka, kjer je bila eksperimentalna študija o interakcijah objavljena.
Podobno orodje je tudi STRING (https://string-db.org/), ki podaja funkcijske povezave med
proteini. Vnesemo lahko en protein ali skupino, izberemo organizem in kliknemo Search.
Rezultati pod zavihkom Analysis ponudijo podatke o GO razvrstitvi prikazane mreže in o KEGG
ter Reactome poteh, v katere je vključena prikazana družina proteinov. V zavihku Settings lahko
nastavimo ali želimo samo eksperimentalno potrjene interakcije, take ki jih predlaga ko-
ekspresija ipd. Prav tako lahko za povezovalne črte med posameznimi proteini tukaj nastavimo
pomen (tip interakcije, stopnja zaupanja, da interakcija obstaja).
V MINT in STRING vpišite TLR3.
• Koliko različnih interakcijskih partnerjev najde vsak program?
• Ali je katera od KEGG/REACTOME poti pomembno povezana z prikazanimi proteini?
• Kje v celici se nahajajo proteini iz funkcijske mreže?
125
