Page 142 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 142
andrej perdih, katja lakota, alja prah
4. SPREMINJANJE PRIKAZA VEZI IN ATOMOV LIGANDA
Najprej z levo miškino tipko in potegom zavrtimo molekulo tako, da se bo ligand najbolje
videl, predstavljen s palčkami (»sticks«). Okoli liganda lahko vidimo tri molekule vode,
predstavljene z rdečimi kroglicami. Nato z ukazom v meniju »Select/Residue/MA4« izbereno
ligand. Za spreminjanje vrste prikaza vezi v meniju odpremo »Actions/Atoms/Bonds« in
odklopimo od glavnega menija s klikom za črtkano črto. V tem oknu lahko izbiramo med
različnim prikazom vezi in atomov, a tokrat bomo izbrali prikaz kroglic in palčk s klikom na
»ball & stick«. Če želimo spremeniti barvo liganda, izberemo v meniju »Actions/Color« in
ponovno kliknemo na črtkano črto, da dobimo pojavno okno. Izberemo obarvanje atomov
»by element«. Grafično okno bi moralo izgledati nekako takole, kot je prikazano spodaj.
V naslednjem koraku bomo prikazali prosojno površino liganda, ki omogoča vpogled v prostor,
ki ga zavzema ligand, in posledično prileganje liganda v vezavno mesto. V meniju izberemo
»Action/Surface« in kliknemo »Show«. Prosojnost površine nastavimo z ukazom
»Action/Surface/Transparency« in izberemo 80 %. Ko približamo ligand, se pojavi situacija na
spodnji sliki.
142
4. SPREMINJANJE PRIKAZA VEZI IN ATOMOV LIGANDA
Najprej z levo miškino tipko in potegom zavrtimo molekulo tako, da se bo ligand najbolje
videl, predstavljen s palčkami (»sticks«). Okoli liganda lahko vidimo tri molekule vode,
predstavljene z rdečimi kroglicami. Nato z ukazom v meniju »Select/Residue/MA4« izbereno
ligand. Za spreminjanje vrste prikaza vezi v meniju odpremo »Actions/Atoms/Bonds« in
odklopimo od glavnega menija s klikom za črtkano črto. V tem oknu lahko izbiramo med
različnim prikazom vezi in atomov, a tokrat bomo izbrali prikaz kroglic in palčk s klikom na
»ball & stick«. Če želimo spremeniti barvo liganda, izberemo v meniju »Actions/Color« in
ponovno kliknemo na črtkano črto, da dobimo pojavno okno. Izberemo obarvanje atomov
»by element«. Grafično okno bi moralo izgledati nekako takole, kot je prikazano spodaj.
V naslednjem koraku bomo prikazali prosojno površino liganda, ki omogoča vpogled v prostor,
ki ga zavzema ligand, in posledično prileganje liganda v vezavno mesto. V meniju izberemo
»Action/Surface« in kliknemo »Show«. Prosojnost površine nastavimo z ukazom
»Action/Surface/Transparency« in izberemo 80 %. Ko približamo ligand, se pojavi situacija na
spodnji sliki.
142
