Page 143 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

strukture bioloških molekul

Prikazali bomo tudi površino proteina. Najprej vse odznačimo z ukazom v meniju »Select/Clear
Selection« in z ukazom »Select/Chain/A« izberemo samo protein. V meniju
»Action/Surface/Show« proteinu dodamo površino. Morali bi dobiti nekaj podobnega spodnji
sliki.

5. VIZUALIZACIJA INTERAKCIJ MED PROTEINOM IN LIGANDOM: VODIKOVE
VEZI

V programu Chimera lahko tudi prikažemo vodikove vezi med izbranimi atomi. Z ukazom
v meniju »Select/Residue/MA4« najprej izberemo ligand in nato še vezavno mesto v
okolici liganda »Select/Zone«.

V odrtem pojavnem oknu nastavimo okolico okoli izbranega liganda na 3Å in kliknemo
»OK«. Nato v meniju izberemo »Tools/Structure Analysis/FindHBond«. Obkljukamo
»Only find H-bonds with«, da bo program prikazal samo vodikove vezi liganda z njegovo
predizbrano okolico. Odkljukamo še »Label H-bonds with distances« da bo program
izpisal dolžino vodikovih vezi in kliknemo »Apply«. Dolžina vodikove vezi je razdalja med
donorjem in akceptorjem protona. Dobimo situacijo na spodnji sliki.

143