Page 145 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 145
strukture bioloških molekul
Poleg poravnanih struktur 1SHV in 1XPB se je odprlo še pojavno okno »MultiAlignView«, ki
prikazuje poravnavo sekvenc proteinov.
Iz poravnave zaporedij lahko dobimo tudi delež enakih delov zaporedij obeh proteinov, in
sicer z ukazom »Info/Percent identity…« v pojavnem oknu »MultiAlignView«. Pod razdelkom
»Compare« označimo 1SHV in pod »with« 1XPB ter kliknemo »apply« in »OK«. Rezultat se
nam izpiše v spodnji, komandni vrstici.
V našem primeru je identičnost zaporedij med obema proteinoma 68.44 %.
Elemente sekundarne strukture lahko pobarvamo tudi glede na njihov tip z izbiro ukaza
»Structure/Secondary Structure/Show actual« v pojavnem oknu »MultiAlignView«. Amino
kisline β-ploskev se obarvajo zeleno, α-vijačnic pa rumeno:
145
Poleg poravnanih struktur 1SHV in 1XPB se je odprlo še pojavno okno »MultiAlignView«, ki
prikazuje poravnavo sekvenc proteinov.
Iz poravnave zaporedij lahko dobimo tudi delež enakih delov zaporedij obeh proteinov, in
sicer z ukazom »Info/Percent identity…« v pojavnem oknu »MultiAlignView«. Pod razdelkom
»Compare« označimo 1SHV in pod »with« 1XPB ter kliknemo »apply« in »OK«. Rezultat se
nam izpiše v spodnji, komandni vrstici.
V našem primeru je identičnost zaporedij med obema proteinoma 68.44 %.
Elemente sekundarne strukture lahko pobarvamo tudi glede na njihov tip z izbiro ukaza
»Structure/Secondary Structure/Show actual« v pojavnem oknu »MultiAlignView«. Amino
kisline β-ploskev se obarvajo zeleno, α-vijačnic pa rumeno:
145
