Page 144 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 144
andrej perdih, katja lakota, alja prah
6. PRILEGANJE 3D STRUKTUR
S programom Chimera lahko tudi prilegamo in primerjamo 3D strukture proteinov.
Strukturno bomo primerjali dva podtipa β-laktamaz, in sicer že obravnavani tip SHV (PDB
koda 1SHV) in tip TEM (PDB koda 1XPB).
Najprej z ukazom »File/Close Session« zapremo vse odprte strukture. Nato v meniju Chimere
izberemo »File/Fetch by ID«, kliknemo PDB podatkovno bazo in vnesemo kodo »1SHV« ter
kliknemo »Fetch«. Isti postopek ponovimo še enkrat, samo da tokrat vnesemo kot PDB kodo
1XPB. Ko imamo obe strukturi naloženi v grafično okno v meniju, izberemo »Tools/Structure
Comparison/MatchMaker«. Nato označimo »Specific chain(s) in reference structure with
specific chain(s) in match structure« in izberemo pod »Reference chain« 1SHV in pod
»Chain(s) to match« 1XPB, odkljukamo »Show pairwise alignment(s)« ter na koncu kliknemo
»Apply«. Dobiti bi morali podobno situacijo kot na sliki spodaj.
144
6. PRILEGANJE 3D STRUKTUR
S programom Chimera lahko tudi prilegamo in primerjamo 3D strukture proteinov.
Strukturno bomo primerjali dva podtipa β-laktamaz, in sicer že obravnavani tip SHV (PDB
koda 1SHV) in tip TEM (PDB koda 1XPB).
Najprej z ukazom »File/Close Session« zapremo vse odprte strukture. Nato v meniju Chimere
izberemo »File/Fetch by ID«, kliknemo PDB podatkovno bazo in vnesemo kodo »1SHV« ter
kliknemo »Fetch«. Isti postopek ponovimo še enkrat, samo da tokrat vnesemo kot PDB kodo
1XPB. Ko imamo obe strukturi naloženi v grafično okno v meniju, izberemo »Tools/Structure
Comparison/MatchMaker«. Nato označimo »Specific chain(s) in reference structure with
specific chain(s) in match structure« in izberemo pod »Reference chain« 1SHV in pod
»Chain(s) to match« 1XPB, odkljukamo »Show pairwise alignment(s)« ter na koncu kliknemo
»Apply«. Dobiti bi morali podobno situacijo kot na sliki spodaj.
144
