Page 158 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 158
rej perdih, katja lakota, alja prah
V prvem koraku prenesemo in namestimo program ArgusLab, ki je dostopen na spletnem
naslovu: http://www.arguslab.com/arguslab.com/ArgusLab.html. Program ima za osnovo
molekulsko mehaniko in semiempirične metode molekulskih orbital. Odprite program in
pritisnite ikono za Create New Molecule (ali Ctrl + N). Kliknite Show the Builder Toolkit ,
izberite zavihek Rings in poiščite cikloheksan v konformaciji stola. Kliknite nanj in z desno
tipko kliknite v okno.
Kliknite na Set mode to Selection for right mouse button in potem kjerkoli v črno ozadje, da
se znebite manipulatorja. Shranite molekulo kot Naloga2a.agl.
V meniju Calculation kliknite na Optimize Geometry... V razdelku Hamiltonian izberite UFF in
kliknite OK. Izvedla se bo optimizacija geometrije z empiričnim poljem sil imenovanim Universal
Force Field (če se ne zgodi nič, kliknite na Run a calculation . Shranite , to bo prepisalo
prejšnjo datoteko z optimizirano verzijo.
Oglejte si output s klikom na View latest calculation results . Zapišite končno energijo v
Hartree-jih (majhna vrednost v a. u. pod razdelkom Final Energy Evaluation, zabeležite vsa
decimalna mesta!).
Zaprite Beležnico. Sedaj shranite datoteko (File - Save As...) kot Naloga2b.agl, sledila bo
optimizacija s semiempirično kvantnomehansko metodo PM3. V meniju Calculation kliknite na
Optimize Geometry... V razdelku Hamiltonian izberite PM3 in kliknite OK. Shranite rezultat!
Spet si zabeležite končno energijo (tokrat je nekoliko večja, negativna vrednost v a. u., pod
razdelkom Geometry Optimization - Final Geom Energy).
IZ KONFORMACIJE STOLA V KONFORMACIJO KADI
Odprite datoteko Naloga2a.agl. Shranite jo kot Naloga2c.agl. Odstranite vodikove atome z
Delete Hydrogens . Prikažite molekulo kot Sticks (Settings – Display – Cylinder = Normal, OK).
Obrnite molekulo tako kot to prikazuje spodnja slika:
V načinu Select , kliknite na ogljikov atom desno spodaj – moral bi se obarvati rumeno.
Potem pritisnite tipko Delete, da ga odstranite. Kliknite na Set mode to Add atoms for right
mouse button . Kliknite na C pod zavihkom Atoms (če ni C (tetrahedral) avtomatsko
nastavljen). Prepričajte se, da je Automatic bonds nastavljen na ON! Z levim miškinim
158
V prvem koraku prenesemo in namestimo program ArgusLab, ki je dostopen na spletnem
naslovu: http://www.arguslab.com/arguslab.com/ArgusLab.html. Program ima za osnovo
molekulsko mehaniko in semiempirične metode molekulskih orbital. Odprite program in
pritisnite ikono za Create New Molecule (ali Ctrl + N). Kliknite Show the Builder Toolkit ,
izberite zavihek Rings in poiščite cikloheksan v konformaciji stola. Kliknite nanj in z desno
tipko kliknite v okno.
Kliknite na Set mode to Selection for right mouse button in potem kjerkoli v črno ozadje, da
se znebite manipulatorja. Shranite molekulo kot Naloga2a.agl.
V meniju Calculation kliknite na Optimize Geometry... V razdelku Hamiltonian izberite UFF in
kliknite OK. Izvedla se bo optimizacija geometrije z empiričnim poljem sil imenovanim Universal
Force Field (če se ne zgodi nič, kliknite na Run a calculation . Shranite , to bo prepisalo
prejšnjo datoteko z optimizirano verzijo.
Oglejte si output s klikom na View latest calculation results . Zapišite končno energijo v
Hartree-jih (majhna vrednost v a. u. pod razdelkom Final Energy Evaluation, zabeležite vsa
decimalna mesta!).
Zaprite Beležnico. Sedaj shranite datoteko (File - Save As...) kot Naloga2b.agl, sledila bo
optimizacija s semiempirično kvantnomehansko metodo PM3. V meniju Calculation kliknite na
Optimize Geometry... V razdelku Hamiltonian izberite PM3 in kliknite OK. Shranite rezultat!
Spet si zabeležite končno energijo (tokrat je nekoliko večja, negativna vrednost v a. u., pod
razdelkom Geometry Optimization - Final Geom Energy).
IZ KONFORMACIJE STOLA V KONFORMACIJO KADI
Odprite datoteko Naloga2a.agl. Shranite jo kot Naloga2c.agl. Odstranite vodikove atome z
Delete Hydrogens . Prikažite molekulo kot Sticks (Settings – Display – Cylinder = Normal, OK).
Obrnite molekulo tako kot to prikazuje spodnja slika:
V načinu Select , kliknite na ogljikov atom desno spodaj – moral bi se obarvati rumeno.
Potem pritisnite tipko Delete, da ga odstranite. Kliknite na Set mode to Add atoms for right
mouse button . Kliknite na C pod zavihkom Atoms (če ni C (tetrahedral) avtomatsko
nastavljen). Prepričajte se, da je Automatic bonds nastavljen na ON! Z levim miškinim
158
