Page 159 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 159
strukture bioloških molekul
gumbom kliknite na enega izmed zdaj terminalnih ogljikov, obarvati se mora rumeno.
Namestite kurzor na mesto, kjer mislite, da bi se moral nahajati ogljik za konformacijo kadi (kot
to prikazuje spodnja slika), pridržite tipko Shift in tja kliknite z desno miškino tipko, da namestite
ogljikov atom.
Spet pridržite Shift in z desno tipko kliknite na preostali terminalni ogljikov atom, da zaprete
obroč. Preklopite na Select način. Pritisnite tipko za dodajanje vodikov . Shranite!
Spet naredite geometrijsko optimizacijo z UFF poljem sil, s tem da spremenite maksimalno
število korakov (Maximum Steps Taken) iz 100 na 200, saj sicer verjetno ne boste dobili
optimizirane strukture. Shranite rezultat!
Oglejte si dobljeno konformacijo. Tokrat ne smete videti konformacije stola, ampak nekakšno
zavito ladjo, konformacijo kadi. Zabeležite z UFF metodo izračunano energijo tako dobljene
konformacije v a. u enotah.
Ponovite postopek za izračun še s semiempirično metodo PM3 in shranite rezultat pod
Naloga2d.agl in zabeležite dobljeno energijo v a.u.
Energijsko primerjajte obe konformaciji. Katera je bolj stabilna (nižja energija tako po UFF kot
po PM3)?
Pretvorite Hartree-je (a. u.) v enote kJ/mol, tako da množite s faktorjem 2625,515 in podajte
razliko med energijo bolj stabilne in manj stabilne konformacije po obeh metodah:
- UFF D (manj stabilna – bolj stabilna) [kJ/mol] = ________________
- PM3 D (manj stabilna – bolj stabilna) [kJ/mol] = ________________
Eksperimentalno določena energijska razlika je 23 kJ/mol. Katera metoda se je tej vrednosti
bolj približala?
159
gumbom kliknite na enega izmed zdaj terminalnih ogljikov, obarvati se mora rumeno.
Namestite kurzor na mesto, kjer mislite, da bi se moral nahajati ogljik za konformacijo kadi (kot
to prikazuje spodnja slika), pridržite tipko Shift in tja kliknite z desno miškino tipko, da namestite
ogljikov atom.
Spet pridržite Shift in z desno tipko kliknite na preostali terminalni ogljikov atom, da zaprete
obroč. Preklopite na Select način. Pritisnite tipko za dodajanje vodikov . Shranite!
Spet naredite geometrijsko optimizacijo z UFF poljem sil, s tem da spremenite maksimalno
število korakov (Maximum Steps Taken) iz 100 na 200, saj sicer verjetno ne boste dobili
optimizirane strukture. Shranite rezultat!
Oglejte si dobljeno konformacijo. Tokrat ne smete videti konformacije stola, ampak nekakšno
zavito ladjo, konformacijo kadi. Zabeležite z UFF metodo izračunano energijo tako dobljene
konformacije v a. u enotah.
Ponovite postopek za izračun še s semiempirično metodo PM3 in shranite rezultat pod
Naloga2d.agl in zabeležite dobljeno energijo v a.u.
Energijsko primerjajte obe konformaciji. Katera je bolj stabilna (nižja energija tako po UFF kot
po PM3)?
Pretvorite Hartree-je (a. u.) v enote kJ/mol, tako da množite s faktorjem 2625,515 in podajte
razliko med energijo bolj stabilne in manj stabilne konformacije po obeh metodah:
- UFF D (manj stabilna – bolj stabilna) [kJ/mol] = ________________
- PM3 D (manj stabilna – bolj stabilna) [kJ/mol] = ________________
Eksperimentalno določena energijska razlika je 23 kJ/mol. Katera metoda se je tej vrednosti
bolj približala?
159
