Page 163 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 163
strukture bioloških molekul
Sulfonamidni zaviralec v oknu centriramo z izbiro View / Center Molecule v meniju Window ali
s pritiskom na gumb v orodni vrstici.
Medtem ko imamo v drevesnem pregledu izbran zaviralec, dodamo atome vodika s pritiskom
na gumb v orodni vrstici. Potem bi morali spojino videti nekako takole.
Z desno miškino tipko kliknemo na »1440 LK2« v Tree View in izberemo možnost »Make a
Ligand Group from this Residue«. Tako bo ArgusLab zgradil skupino pod mapo Groups z istim
imenom "1 LK2", ki je tipa »Ligand«.
Z desno miškino tipko kliknemo na »1440 LK2« v Residues/Misc folder. Tako bomo spet izbrali
atome liganda na zaslonu.
V naslednjih dveh korakih kopiramo in prilepimo izbrani ligand (Copy/Paste ukaza). Če
pogledamo v mapo Residues/Misc v drevesnem pregledu, bomo videli nov označen ligand z
imenom »2480 LK22« (možno je tudi različno število oznake).
Na enak način kot zgoraj naredimo novo skupino z ligandom. Z desno miškino tipko kliknemo
na »2480 LK2« in izberemo »Make a Ligand Group from this Residue«. Sedaj bi morali imeti
dve vrsti ligandov v mapi skupine z imenoma "1 LK2" in "2 LK2".
V nadaljevanju bomo preimenovali skupino ligandov: z desno miškino tipko kliknemo na »1
LK2« v mapi Group in izberemo možnost »Modify Group«. V polju Modify Group vnesemo novo
ime. Imenujmo jo »ligand-eksperimentalni«. Pazimo, da ne spremenimo vrsto mape Group.
Enako naredimo za »2 LK2«, poimenujemo ga »ligand«.
Za lažje razlikovanje obeh ligandov na grafičnem vmesniku si lahko pomagamo na več načinov.
Lahko npr. spremenimo vizualizacijo enega od ligandov tako, da z desno miškino tipko kliknemo
na skupino z imenom »ligand-eksperimentalni« in izberemo »Set Render Mode« ter nastavimo
možnost »Cylinder med«.
163
Sulfonamidni zaviralec v oknu centriramo z izbiro View / Center Molecule v meniju Window ali
s pritiskom na gumb v orodni vrstici.
Medtem ko imamo v drevesnem pregledu izbran zaviralec, dodamo atome vodika s pritiskom
na gumb v orodni vrstici. Potem bi morali spojino videti nekako takole.
Z desno miškino tipko kliknemo na »1440 LK2« v Tree View in izberemo možnost »Make a
Ligand Group from this Residue«. Tako bo ArgusLab zgradil skupino pod mapo Groups z istim
imenom "1 LK2", ki je tipa »Ligand«.
Z desno miškino tipko kliknemo na »1440 LK2« v Residues/Misc folder. Tako bomo spet izbrali
atome liganda na zaslonu.
V naslednjih dveh korakih kopiramo in prilepimo izbrani ligand (Copy/Paste ukaza). Če
pogledamo v mapo Residues/Misc v drevesnem pregledu, bomo videli nov označen ligand z
imenom »2480 LK22« (možno je tudi različno število oznake).
Na enak način kot zgoraj naredimo novo skupino z ligandom. Z desno miškino tipko kliknemo
na »2480 LK2« in izberemo »Make a Ligand Group from this Residue«. Sedaj bi morali imeti
dve vrsti ligandov v mapi skupine z imenoma "1 LK2" in "2 LK2".
V nadaljevanju bomo preimenovali skupino ligandov: z desno miškino tipko kliknemo na »1
LK2« v mapi Group in izberemo možnost »Modify Group«. V polju Modify Group vnesemo novo
ime. Imenujmo jo »ligand-eksperimentalni«. Pazimo, da ne spremenimo vrsto mape Group.
Enako naredimo za »2 LK2«, poimenujemo ga »ligand«.
Za lažje razlikovanje obeh ligandov na grafičnem vmesniku si lahko pomagamo na več načinov.
Lahko npr. spremenimo vizualizacijo enega od ligandov tako, da z desno miškino tipko kliknemo
na skupino z imenom »ligand-eksperimentalni« in izberemo »Set Render Mode« ter nastavimo
možnost »Cylinder med«.
163
