Page 162 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 162
andrej perdih, katja lakota, alja prah
V tej vaji si bomo ogledali, kako pripraviti in izvesti molekulsko sidranje. Najprej bomo izvlekli
eksperimentalno določeno vezavno konformacijo D-Glu sulfonamidnega zaviralca
bakterijskega encima MurD in jo sidrali v vezavno mesto MurD. Nato bomo primerjali sidrano
strukturo zaviralca z eksperimentalno, da bomo ocenili njuno ujemanje. Ta postopek se
pogosto uporablja pri validaciji programov za molekulsko sidranje pred samim virtualnim
sidranjem večjih knjižnic spojin, kot smo obravnavali v Poglavju IV. Preden pričnemo s
sidranjem molekule, moramo najprej definirati atome liganda in vezavno mesto na proteinu,
kamor se ligand veže. Kristalna struktura 2JFF proteina, ki jo bomo uporabili kot modelni sistem
in jo poznamo že iz Vaje 2, je prosto dostopna na spletni strani Protein Brookhaven Databank
(http://www.rcsb.org). Obravnavana struktura proteina je rezultat antibakterijskega
raziskovalnega projekta, pri katerem so bili udeleženi številni slovenski raziskovalci.
1. PRENOS PDB STRUKTURNE DATOTEKE Z OZNAKO 2JFF
Nato v spletnem brskalniku v iskalnik vpišemo Protein Brookhaven Databank
(http://www.rcsb.org) in v iskalno polje vnesemo 2JFF. 3D strukturo proteina prenesemo kot
pdb datoteko. Odpremo 2JFF.pdb v programu ArgusLab, ki smo ga uporabljali že v prejšnji Vaji
5. To je PDB datoteka, zato poskrbimo, da pri odpiranju izberemo pravo vrsto datoteke (PDB
tip).
Najprej poskrbimo, da je orodje Molecule Tree View tool vidno. Izberemo Tools/ Molecule Tree
View ali kliknemo ikono v orodni vrstici za preklop na drevesni pregled. Nato razširimo
drevesni pogled 2JFF in odpremo mapo Residues/Misc za prikaz sulfonamidnega zaviralca
(LK2). Grafični vmesnik v Argulslabu bi moral izgledati nekako takole.
2. PRIPRAVA LIGANDA IN VEZAVNEGA MESTA
Z levo miškino tipko v drevesnem pregledu kliknemo na »1440 LK2« in izberemo sulfonamidni
zaviralec tako, da se obarva rumeno.
Nato izberemo Edit/Hide Unselected možnost, da skrijemo vse atome, ki niso izbrani. Edini
atomi, ki so prikazani na zaslonu, so atomi D-Glu sulfonamidnega zaviralca.
162
V tej vaji si bomo ogledali, kako pripraviti in izvesti molekulsko sidranje. Najprej bomo izvlekli
eksperimentalno določeno vezavno konformacijo D-Glu sulfonamidnega zaviralca
bakterijskega encima MurD in jo sidrali v vezavno mesto MurD. Nato bomo primerjali sidrano
strukturo zaviralca z eksperimentalno, da bomo ocenili njuno ujemanje. Ta postopek se
pogosto uporablja pri validaciji programov za molekulsko sidranje pred samim virtualnim
sidranjem večjih knjižnic spojin, kot smo obravnavali v Poglavju IV. Preden pričnemo s
sidranjem molekule, moramo najprej definirati atome liganda in vezavno mesto na proteinu,
kamor se ligand veže. Kristalna struktura 2JFF proteina, ki jo bomo uporabili kot modelni sistem
in jo poznamo že iz Vaje 2, je prosto dostopna na spletni strani Protein Brookhaven Databank
(http://www.rcsb.org). Obravnavana struktura proteina je rezultat antibakterijskega
raziskovalnega projekta, pri katerem so bili udeleženi številni slovenski raziskovalci.
1. PRENOS PDB STRUKTURNE DATOTEKE Z OZNAKO 2JFF
Nato v spletnem brskalniku v iskalnik vpišemo Protein Brookhaven Databank
(http://www.rcsb.org) in v iskalno polje vnesemo 2JFF. 3D strukturo proteina prenesemo kot
pdb datoteko. Odpremo 2JFF.pdb v programu ArgusLab, ki smo ga uporabljali že v prejšnji Vaji
5. To je PDB datoteka, zato poskrbimo, da pri odpiranju izberemo pravo vrsto datoteke (PDB
tip).
Najprej poskrbimo, da je orodje Molecule Tree View tool vidno. Izberemo Tools/ Molecule Tree
View ali kliknemo ikono v orodni vrstici za preklop na drevesni pregled. Nato razširimo
drevesni pogled 2JFF in odpremo mapo Residues/Misc za prikaz sulfonamidnega zaviralca
(LK2). Grafični vmesnik v Argulslabu bi moral izgledati nekako takole.
2. PRIPRAVA LIGANDA IN VEZAVNEGA MESTA
Z levo miškino tipko v drevesnem pregledu kliknemo na »1440 LK2« in izberemo sulfonamidni
zaviralec tako, da se obarva rumeno.
Nato izberemo Edit/Hide Unselected možnost, da skrijemo vse atome, ki niso izbrani. Edini
atomi, ki so prikazani na zaslonu, so atomi D-Glu sulfonamidnega zaviralca.
162
