Page 164 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 164
andrej perdih, katja lakota, alja prah
V naslednjem koraku bomo definirali vezavno mesto. Z desno miškino tipko kliknemo na
skupino »ligand-eksperimentalni« v skupini Groups in nato izberemo možnost »Make a
BindingSite Group for this Group«. Tako bomo ustvarili vezavno mesto »BindingSite«, ki je
sestavljeno iz vseh aminokislinskih ostankov, ki imajo vsaj en atom znotraj polmera 3,5 Å od
kateregakoli atoma liganda iz skupine »ligan-eksperimentalni«. To nam običajno omogoči
dober prikaz pomembnih aminokislinskih ostankov v vezavnem mestu tarčnega proteina. Po
centriranju molekule dobimo stanje, ki je prikazano na spodnji sliki.
3. SIDRANJE LIGANDA V VEZAVNO MESTO MurD
Ko bomo sidrali ligand iz skupine »Ligand«, bomo avtomatično zanemarili vse druge
ligande/atome, ki so še prisotni v definiranem aktivnem mestu. Opozorimo samo, da so v
primeru, če pozabimo ustvariti skupino »Ligand« iz molekule, ki je že v vezavnem mestu,
rezultati sidranja neveljavni.
Najprej odpremo okno z nastavitvami za sidranje »Dock Settings« z izbiro možnosti
»Calculation/Dock a Ligand...« ali s klikom na ikono v orodni vrstici. Tako izgleda okno z
nastavitvami za sidranje:
164
V naslednjem koraku bomo definirali vezavno mesto. Z desno miškino tipko kliknemo na
skupino »ligand-eksperimentalni« v skupini Groups in nato izberemo možnost »Make a
BindingSite Group for this Group«. Tako bomo ustvarili vezavno mesto »BindingSite«, ki je
sestavljeno iz vseh aminokislinskih ostankov, ki imajo vsaj en atom znotraj polmera 3,5 Å od
kateregakoli atoma liganda iz skupine »ligan-eksperimentalni«. To nam običajno omogoči
dober prikaz pomembnih aminokislinskih ostankov v vezavnem mestu tarčnega proteina. Po
centriranju molekule dobimo stanje, ki je prikazano na spodnji sliki.
3. SIDRANJE LIGANDA V VEZAVNO MESTO MurD
Ko bomo sidrali ligand iz skupine »Ligand«, bomo avtomatično zanemarili vse druge
ligande/atome, ki so še prisotni v definiranem aktivnem mestu. Opozorimo samo, da so v
primeru, če pozabimo ustvariti skupino »Ligand« iz molekule, ki je že v vezavnem mestu,
rezultati sidranja neveljavni.
Najprej odpremo okno z nastavitvami za sidranje »Dock Settings« z izbiro možnosti
»Calculation/Dock a Ligand...« ali s klikom na ikono v orodni vrstici. Tako izgleda okno z
nastavitvami za sidranje:
164
