Page 170 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

andrej perdih, katja lakota, alja prah

VII. PROBLEMSKI NALOGI
S pridobljenim znanjem o uporabi metod molekulskega modeliranja in eksperimentalnih metod
določanja 3D struktur proteinov predlagajte strategijo teoretične/eksperimentalne študije, s
katero bi z uporabo teh metod pridobili nove uporabne informacije za nadaljnje raziskave.
Opredelite, katere podatke potrebujemo, katere metode, ki smo jih spoznali na predavanjih, bi
uporabili, kakšne rezultate lahko pričakujemo ter kako jih interpretiramo.

1. Stabilnost in preiskovanje sekundarne strukture peptida
S pomočjo kemometričnih metod domnevamo, da se sekvenca 18 aminokislin zvije v strukturo
β-prepognjene verige. Opišite študijo in uporabljene metode, s katero bi lahko teoretično
obravnavali stabilnost take strukture, ter kako bi jo lahko kasneje tudi eksperimentalno potrdili.

2. Virtualno rešetanje za identifikacijo novih potencialnih zdravilnih učinkovin
MurE ligaza je protein, ki sodeluje v sintezi bakterijskega peptidoglikana, ki je ključna
komponenta bakterijske celične stene in bakteriji omogoča preživetje. Zaradi vedno večje
rezistence bakterij na znane antibiotike želimo uporabiti določeno kristalno strukturo MurE
ligaze za načrtovanje novih protibakterijskih zdravilnih učinkovin. Predlagajte protokol
virtualnega rešetanja in možne pristope, s katerim bi lahko identificirali nove biološko aktivne
spojine – inhibitorje na tej protibakterijski tarči.

170