Page 169 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 169
strukture bioloških molekul
• Zakaj je pomemben 1H-15N HSQC (Heteronuclear Single-Quantum Correlation) NMR
spekter?
• Na kratko opišite trojne resonančne eksperimente.
• Opišite metodo določanja 3D strukture proteinov z NMR spektroskopijo.
• Primerjajte obe metodi (rentgensko kristalografijo in NMR spektroskopijo) in
izpostavite prednosti in slabosti obeh za določanje 3D struktur proteinov.
IV. MOLEKULSKO MODELIRANJE
• Definicija molekulskega modeliranja.
• Kaj je molekulska grafika in kako vizualiziramo biološke makromolekule?
• Kaj je konformacija molekule in kaj torzijski kot?
• Kako dobimo površino dostopno molekuli (Solvent accessible surface area).
• Kako primerjamo konformacije molekul in opišite RMSD parameter.
• Osnovne fizikalne enote, ki jih uporabljamo v molekulskem modeliranju (za merjenje
razdalj, energije, naboja).
• Opišite molekulsko mehaniko in empirično potencialno funkcijo.
• Opišite osnovne principe kvantne mehanike in zakaj jo uporabljamo pri študiju molekul.
• Kaj je površina potencialne energije molekule in kako jo lahko preiskujemo?
• Kaj je geometrijska optimizacija molekulske strukture?
• Kaj so molekulske simulacije?
• Opišite metodo molekulske dinamike (MD).
• Kako analiziramo rezultate molekulske dinamike?
• Razložite razliko med molekulsko dinamiko in geometrijsko optimizacijo.
• Opišite kaj razumemo pod pojmom konformacijska analiza in navedite primer.
V. NAPOVEDOVANJE 3D STRUKTURE PROTEINOV Z RAČUNSKIMI
METODAMI
• Zakaj potrebujemo metode za napovedovanje struktur molekul?
• Opišite metodo homolognega modeliranja.
• Opišite metodo prepoznave zvitij.
• Kako napovedujemo strukturo proteinov iz prvih principov?
VI. UPORABA PROTEINSKIH STRUKTUR PRI NAČRTOVANJU BIOLOŠKO AKTIVNIH
MOLEKUL
• Opišite cikel načrtovanja zdravilnih učinkovin
• Metoda virtualnega rešetanja (definicija, uporaba).
• Kako pripravimo kemijske knjižnice in kakšne tipe le-teh poznamo?
• Osnovi pristopi pri virtualnem rešetanju (npr. strukturno podprto načrtovanje in
načrtovanje na osnovi strukture ligandov).
• Opišite metodo molekulskega sidranja.
• Kaj je to farmakofor in farmakoforno modeliranje?
• Kako validiramo metodo virtualnega rešetanja?
169
• Zakaj je pomemben 1H-15N HSQC (Heteronuclear Single-Quantum Correlation) NMR
spekter?
• Na kratko opišite trojne resonančne eksperimente.
• Opišite metodo določanja 3D strukture proteinov z NMR spektroskopijo.
• Primerjajte obe metodi (rentgensko kristalografijo in NMR spektroskopijo) in
izpostavite prednosti in slabosti obeh za določanje 3D struktur proteinov.
IV. MOLEKULSKO MODELIRANJE
• Definicija molekulskega modeliranja.
• Kaj je molekulska grafika in kako vizualiziramo biološke makromolekule?
• Kaj je konformacija molekule in kaj torzijski kot?
• Kako dobimo površino dostopno molekuli (Solvent accessible surface area).
• Kako primerjamo konformacije molekul in opišite RMSD parameter.
• Osnovne fizikalne enote, ki jih uporabljamo v molekulskem modeliranju (za merjenje
razdalj, energije, naboja).
• Opišite molekulsko mehaniko in empirično potencialno funkcijo.
• Opišite osnovne principe kvantne mehanike in zakaj jo uporabljamo pri študiju molekul.
• Kaj je površina potencialne energije molekule in kako jo lahko preiskujemo?
• Kaj je geometrijska optimizacija molekulske strukture?
• Kaj so molekulske simulacije?
• Opišite metodo molekulske dinamike (MD).
• Kako analiziramo rezultate molekulske dinamike?
• Razložite razliko med molekulsko dinamiko in geometrijsko optimizacijo.
• Opišite kaj razumemo pod pojmom konformacijska analiza in navedite primer.
V. NAPOVEDOVANJE 3D STRUKTURE PROTEINOV Z RAČUNSKIMI
METODAMI
• Zakaj potrebujemo metode za napovedovanje struktur molekul?
• Opišite metodo homolognega modeliranja.
• Opišite metodo prepoznave zvitij.
• Kako napovedujemo strukturo proteinov iz prvih principov?
VI. UPORABA PROTEINSKIH STRUKTUR PRI NAČRTOVANJU BIOLOŠKO AKTIVNIH
MOLEKUL
• Opišite cikel načrtovanja zdravilnih učinkovin
• Metoda virtualnega rešetanja (definicija, uporaba).
• Kako pripravimo kemijske knjižnice in kakšne tipe le-teh poznamo?
• Osnovi pristopi pri virtualnem rešetanju (npr. strukturno podprto načrtovanje in
načrtovanje na osnovi strukture ligandov).
• Opišite metodo molekulskega sidranja.
• Kaj je to farmakofor in farmakoforno modeliranje?
• Kako validiramo metodo virtualnega rešetanja?
169
