Page 165 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 165
strukture bioloških molekul
V razdelku »Ligand« izberemo ligand, ki ga bomo sidrali. Pazimo, da izberemo skupino »ligand«
in ne skupino »ligand-eksperimentalni«.
S klikom na gumb »Calculate Size« program izračuna in prikaže prostorske koordinate »škatle«
okoli vezavnega mesta. Kot program za sidranje nastavimo »ArgusDock«, kot tip Izračun
»Dock« in fleksibilen ligand »Flexible«.
Nato s klikom na gumb »Start« pričnemo z molekulskim sidranjem.
V vrstici stanja se na dnu grafičnega okna začnejo pojavljati obvestila. V prvem obvestilu lahko
vidimo, da ArgusLab ustvari točkovno mrežo, ki jo program uporabi med sidranjem. Nato se
začnejo izpisovati različne faze iskanja konformacij, ki mu sledi obdelava možnih vezavnih
geometrij liganda, s čimer se zaključi proces sidranja. Pri tem se spreminjajo smo koordinate
liganda iz skupine »ligand«.
4. ANALIZA REZULTATOV
V zadnjem koraku bomo analizirali ujemanje konformacije sidranega liganda, z
eksperimentalno določeno vezavno pozo liganda. V drevesnem pregledu izberemo tako sidrani
ligand kakor tudi »eksperimentalni« ligand tako, da hkrati držimo tipko Ctrl in levo miškino
tipko. Obe skupini se obarvata rumeno. Nato z desno miškino tipko kliknemo na »Groups«
mapo v drevesnem pregledu in izberemo »Calc RMSD position between two similar Groups«.
Odpre se pogovorno okno, ki nam prikaže koren povprečja kvadratov odklonov (»root mean
square deviation« - RMSD) med obema ligandoma.
Da bi lahko zaključili, da sta eksperimentalna in izračunana konformacija liganda primerljive
vrednosti, mora biti RMSD vrednost praviloma manjša od 2,5 Å. Kako je bilo v vašem primeru?
Podatke o izračunih sidranja lahko pridobimo na dveh mestih: »log« datoteka in orodje
drevesnega pregleda. Najprej bomo razširili ArgusDock izračun v mapi »Calculations« v
drevesnem pregledu. Vidimo lahko seznam nastavitev sidranja in več vezavnih poz liganda, pri
165
V razdelku »Ligand« izberemo ligand, ki ga bomo sidrali. Pazimo, da izberemo skupino »ligand«
in ne skupino »ligand-eksperimentalni«.
S klikom na gumb »Calculate Size« program izračuna in prikaže prostorske koordinate »škatle«
okoli vezavnega mesta. Kot program za sidranje nastavimo »ArgusDock«, kot tip Izračun
»Dock« in fleksibilen ligand »Flexible«.
Nato s klikom na gumb »Start« pričnemo z molekulskim sidranjem.
V vrstici stanja se na dnu grafičnega okna začnejo pojavljati obvestila. V prvem obvestilu lahko
vidimo, da ArgusLab ustvari točkovno mrežo, ki jo program uporabi med sidranjem. Nato se
začnejo izpisovati različne faze iskanja konformacij, ki mu sledi obdelava možnih vezavnih
geometrij liganda, s čimer se zaključi proces sidranja. Pri tem se spreminjajo smo koordinate
liganda iz skupine »ligand«.
4. ANALIZA REZULTATOV
V zadnjem koraku bomo analizirali ujemanje konformacije sidranega liganda, z
eksperimentalno določeno vezavno pozo liganda. V drevesnem pregledu izberemo tako sidrani
ligand kakor tudi »eksperimentalni« ligand tako, da hkrati držimo tipko Ctrl in levo miškino
tipko. Obe skupini se obarvata rumeno. Nato z desno miškino tipko kliknemo na »Groups«
mapo v drevesnem pregledu in izberemo »Calc RMSD position between two similar Groups«.
Odpre se pogovorno okno, ki nam prikaže koren povprečja kvadratov odklonov (»root mean
square deviation« - RMSD) med obema ligandoma.
Da bi lahko zaključili, da sta eksperimentalna in izračunana konformacija liganda primerljive
vrednosti, mora biti RMSD vrednost praviloma manjša od 2,5 Å. Kako je bilo v vašem primeru?
Podatke o izračunih sidranja lahko pridobimo na dveh mestih: »log« datoteka in orodje
drevesnega pregleda. Najprej bomo razširili ArgusDock izračun v mapi »Calculations« v
drevesnem pregledu. Vidimo lahko seznam nastavitev sidranja in več vezavnih poz liganda, pri
165
