Page 166 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.

andrej perdih, katja lakota, alja prah

čemer je najbolj stabilna vezavna geometrija pod številko 1 (izraz "poza" se običajno uporablja
za poimenovanje niza koordinat sidranega liganda). Z desno miškino tipko kliknemo na pozo 2
in izberemo možnost »Display«. S tem ukazom se bodo koordinate liganda spremenile tako, da
bodo ustrezale 2. pozi in na zaslonu se bo izpisal rezultat cenilne funkcije. RMSD med pozama
sidranega in eksperimentalno določenega liganda lahko določimo na enak način kot v
prejšnjem primeru. Na zaslonu bi morali videti naslednjo sliko.

Z desno miškino tipko kliknemo na vezavno pozo 2 in izberemo »Hide« ali »Hide all Props«, da
izklopimo prikaz 2. vezavne poze liganda. Grafični prikaz na zaslonu se povrne v osnovni prikaz
poze z najnižjo energijo.
Na koncu rezultate še shranimo v ArgusLab *.agl datoteko. Izberemo možnost »File/Save As...«
in določimo vrsto datoteke ArgusLab ter shranimo. Tako bodo rezultati sidranja dostopni tudi
v bodoče, če oz. ko jih bomo rabili.

166