Page 53 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 53
strukture bioloških molekul
6. GRAJENJE IN OCENA KVALITETE 3D MOLEKULSKEGA MODELA
Ko izmerjenim difrakcijskim žarkom določimo faze, lahko izračunamo tudi 3D mapo elektronske
gostote proteina. Zaradi poznavanja primarne sekvence preiskovanega proteina lahko v mapo
elektronske gostote vgradimo 3D model proteinske strukture. Pri tem si pomagamo z različnimi
računalniškimi programi, ki nam predlagajo najboljša ujemanja elektronske gostote in
zgrajenega modela. Začetni model nato še izboljšamo in optimiziramo, da dobimo najboljše
možno ujemenje z eksperimentalno elektronsko gostoto in predlagano 3D konformacijo (Slika
5).
Slika 5. (Zgoraj) Koraki gradnje 3D atomskega modela na osnovi eksperimentalno pridobljenega
difrakcijskega vzorca. (Sredina) Prikaz resolucije manj (3 Å) in bolj (1.2 Å) kvalitetne mape
elektronske gostote stranske verige tirozina v molekuli proteina. (Spodaj) Shema iterativnega
popravljanja začetnega 3D modela do najboljšega ujemanja z dobljenimi eksperimentalnimi
podatki.
Pri oceni kvalitete končnega 3D modela je pomembno merilo resolucija. Ta je definirana kot
vrednost najmanjše razdalje, ki jo še lahko ločimo. Resolucija je odvisna od količine in kvalitete
53
6. GRAJENJE IN OCENA KVALITETE 3D MOLEKULSKEGA MODELA
Ko izmerjenim difrakcijskim žarkom določimo faze, lahko izračunamo tudi 3D mapo elektronske
gostote proteina. Zaradi poznavanja primarne sekvence preiskovanega proteina lahko v mapo
elektronske gostote vgradimo 3D model proteinske strukture. Pri tem si pomagamo z različnimi
računalniškimi programi, ki nam predlagajo najboljša ujemanja elektronske gostote in
zgrajenega modela. Začetni model nato še izboljšamo in optimiziramo, da dobimo najboljše
možno ujemenje z eksperimentalno elektronsko gostoto in predlagano 3D konformacijo (Slika
5).
Slika 5. (Zgoraj) Koraki gradnje 3D atomskega modela na osnovi eksperimentalno pridobljenega
difrakcijskega vzorca. (Sredina) Prikaz resolucije manj (3 Å) in bolj (1.2 Å) kvalitetne mape
elektronske gostote stranske verige tirozina v molekuli proteina. (Spodaj) Shema iterativnega
popravljanja začetnega 3D modela do najboljšega ujemanja z dobljenimi eksperimentalnimi
podatki.
Pri oceni kvalitete končnega 3D modela je pomembno merilo resolucija. Ta je definirana kot
vrednost najmanjše razdalje, ki jo še lahko ločimo. Resolucija je odvisna od količine in kvalitete
53
