Page 50 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 50
andrej perdih, katja lakota, alja prah
Odbite oz. sipane rentgenske žarke zaznamo z različni detektorji. V preteklosti so v ta namen
pogosto uporabljali kar fotografski film. Kasneje so v ta namen razvili števce odbitih fotonov t.
i. scintilacijske števce, ploščate slikovne detektorje (ang. image plate detectors), matrične
detektorje (ang. array detectors) in CCD naprave (ang. charge-coupled devices).
5. IZRAČUN 3D MAPE ELEKTRONSKE GOSTOTE
V naslednjem koraku dobljene dvodimenzionalne difrakcijske vzorce, ki jih dobimo z rotacijo
proteinskega kristala v vse smeri, pretvorimo v tridimenzionalni model elektronske gostote
molekule. Pri tem uporabljamo matematično tehniko, imenovano Fourierjeva transformacija.
Le-ta namreč povezuje direktni in recipročni prostor - to je atomsko strukturo in njeno
uklonsko/difrakcijsko sliko. Z uporabo reverzne Fourierjeve transformacije tako lahko iz
izmerjenih amplitud odbojev in njenih faznih kotov izračunamo elektronsko gostoto v osnovni
celici, kot to prikazuje slika 4.
Slika 4. Shema določitve elektronske gostote proteina iz dobljenih odsevov s pomočjo inverzne
Fourierjeve transformacije.
Obdelava podatkov se začne z indeksiranjem izmerjenih difrakcijskih žarkov. Tako določimo
dimenzije enotne celice in pozicije žarkov v recipročnem prostoru. Med tem postopkom
določimo simetrije kristala, to je njegovo prostorsko skupino (ang. space group). Prostorske
skupine so kombinacije 32 kristalografskih točkovnih skupin (simetrijskih operacij, kot so
rotacije in zrcaljenja, v katerih ostane pri premiku vsakega atoma kristala na položaj drugega
istovrstnega atoma točka, okoli katere poteče operacija, fiksna) in 14 Bravaisovih mrež (možnih
3D ureditev v neskončni mreži diskretnih točk). Slednje nadalje spadajo v enega od sedmih
50
Odbite oz. sipane rentgenske žarke zaznamo z različni detektorji. V preteklosti so v ta namen
pogosto uporabljali kar fotografski film. Kasneje so v ta namen razvili števce odbitih fotonov t.
i. scintilacijske števce, ploščate slikovne detektorje (ang. image plate detectors), matrične
detektorje (ang. array detectors) in CCD naprave (ang. charge-coupled devices).
5. IZRAČUN 3D MAPE ELEKTRONSKE GOSTOTE
V naslednjem koraku dobljene dvodimenzionalne difrakcijske vzorce, ki jih dobimo z rotacijo
proteinskega kristala v vse smeri, pretvorimo v tridimenzionalni model elektronske gostote
molekule. Pri tem uporabljamo matematično tehniko, imenovano Fourierjeva transformacija.
Le-ta namreč povezuje direktni in recipročni prostor - to je atomsko strukturo in njeno
uklonsko/difrakcijsko sliko. Z uporabo reverzne Fourierjeve transformacije tako lahko iz
izmerjenih amplitud odbojev in njenih faznih kotov izračunamo elektronsko gostoto v osnovni
celici, kot to prikazuje slika 4.
Slika 4. Shema določitve elektronske gostote proteina iz dobljenih odsevov s pomočjo inverzne
Fourierjeve transformacije.
Obdelava podatkov se začne z indeksiranjem izmerjenih difrakcijskih žarkov. Tako določimo
dimenzije enotne celice in pozicije žarkov v recipročnem prostoru. Med tem postopkom
določimo simetrije kristala, to je njegovo prostorsko skupino (ang. space group). Prostorske
skupine so kombinacije 32 kristalografskih točkovnih skupin (simetrijskih operacij, kot so
rotacije in zrcaljenja, v katerih ostane pri premiku vsakega atoma kristala na položaj drugega
istovrstnega atoma točka, okoli katere poteče operacija, fiksna) in 14 Bravaisovih mrež (možnih
3D ureditev v neskončni mreži diskretnih točk). Slednje nadalje spadajo v enega od sedmih
50
