Page 56 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 56
andrej perdih, katja lakota, alja prah
Okupanca (ang. occupancy) označuje, v kolikšnem deležu molekul je prisoten nek atom.
ATOM 92 N GLY A 47 20.191 -18.979 14.342 1.00 10.01 N
ATOM 93 CA GLY A 47 21.427 -18.690 13.599 1.00 11.79 C
ATOM 94 C GLY A 47 22.404 -17.931 14.477 1.00 11.39 C
ATOM 95 O GLY A 47 22.629 -18.337 15.636 1.00 12.19 O
ATOM 96 N ASP A 48 22.940 -16.834 13.965 1.00 12.03 N
ATOM 97 CA ASP A 48 23.937 -16.030 14.714 1.00 12.88 C
ATOM 98 C ASP A 48 23.240 -14.894 15.470 1.00 11.36 C
ATOM 99 O ASP A 48 23.940 -14.032 15.990 1.00 12.12 O
ATOM 100 CB ASP A 48 25.036 -15.510 13.785 1.00 16.65 C
ATOM 101 CG ASP A 48 25.867 -16.616 13.153 1.00 25.48 C
ATOM 102 OD1 ASP A 48 26.002 -17.685 13.788 1.00 30.60 O
ATOM 103 OD2 ASP A 48 26.369 -16.401 12.027 1.00 33.86 O
Okupanca za atome proteina je ponavadi 1. Manjša od 1 je lahko v primerih, ko je v proteinu
prisotnih več konformacij aminokislinskega preostanka in ko je ligand prisoten v večih
konformacijah ali ni prisoten v vseh osnovnih celicah.
Dobljeno elektronsko gostoto proteina lahko prikazujemo v obliki diferenčnih map (Slika 7).
Poznamo več vrst map in iz banke PDB lahko pridobimo F0-Fc diferenčno (omit) mapo, ki
prikazuje diferenco (razliko) med eksperimentalno mapo elektronske gostote F0 in mapo Fc, ki
jo izračunamo iz dobljenih atomskih koordinat v modelu. Ta mapa nam prikaže vse atome, ki
so napačno locirani in manjkajočo še ne interpretirano elektronsko gostoto. Še bolj pomembna
je 2F0-Fc diferenčna mapa. To je eksperimentalna mapa F0 skupaj z diferenčno mapo F0-Fc. Ta
mapa izgleda kot popravljeni model in je navadno statistično najmanj pristranska mapa
elektronske gostote. Mapo elektronske gostote proteina boste vizualizirali tudi v okviru
aktivnosti pri Vaji 2.
Slika 7. Shematski prikaz F0-Fc in 2F0-Fc diferenčne mape.
Tako določeno optimizirano 3D strukturo proteina skupaj s preostalimi eksperimentalnimi
rezultati (npr. mapa elektronske gostote, diferenčne mape, itd.) nato deponiramo v PDB (ang.
Protein Data Bank) banko struktur bioloških molekul. Koordinate strukture so navadno
dostopne v molekulskem formatu pdb. Povejmo še, da datoteka pdb ne vsebuje le koordinat
atomov, ampak še veliko drugih uporabnih podatkov: od podrobnosti
kristalografske/difrakcijske meritve, do naštetih aminokislin, ki so bile slabše ali sploh ne
zaznane v mapi elektronske gostote, podatkov o osnovni celici itd. Vse te informacije nam
omogočajo vizualizacijo proteinske molekule ter kompleksnejše razumevanje pridobljenih
podatkov.
56
Okupanca (ang. occupancy) označuje, v kolikšnem deležu molekul je prisoten nek atom.
ATOM 92 N GLY A 47 20.191 -18.979 14.342 1.00 10.01 N
ATOM 93 CA GLY A 47 21.427 -18.690 13.599 1.00 11.79 C
ATOM 94 C GLY A 47 22.404 -17.931 14.477 1.00 11.39 C
ATOM 95 O GLY A 47 22.629 -18.337 15.636 1.00 12.19 O
ATOM 96 N ASP A 48 22.940 -16.834 13.965 1.00 12.03 N
ATOM 97 CA ASP A 48 23.937 -16.030 14.714 1.00 12.88 C
ATOM 98 C ASP A 48 23.240 -14.894 15.470 1.00 11.36 C
ATOM 99 O ASP A 48 23.940 -14.032 15.990 1.00 12.12 O
ATOM 100 CB ASP A 48 25.036 -15.510 13.785 1.00 16.65 C
ATOM 101 CG ASP A 48 25.867 -16.616 13.153 1.00 25.48 C
ATOM 102 OD1 ASP A 48 26.002 -17.685 13.788 1.00 30.60 O
ATOM 103 OD2 ASP A 48 26.369 -16.401 12.027 1.00 33.86 O
Okupanca za atome proteina je ponavadi 1. Manjša od 1 je lahko v primerih, ko je v proteinu
prisotnih več konformacij aminokislinskega preostanka in ko je ligand prisoten v večih
konformacijah ali ni prisoten v vseh osnovnih celicah.
Dobljeno elektronsko gostoto proteina lahko prikazujemo v obliki diferenčnih map (Slika 7).
Poznamo več vrst map in iz banke PDB lahko pridobimo F0-Fc diferenčno (omit) mapo, ki
prikazuje diferenco (razliko) med eksperimentalno mapo elektronske gostote F0 in mapo Fc, ki
jo izračunamo iz dobljenih atomskih koordinat v modelu. Ta mapa nam prikaže vse atome, ki
so napačno locirani in manjkajočo še ne interpretirano elektronsko gostoto. Še bolj pomembna
je 2F0-Fc diferenčna mapa. To je eksperimentalna mapa F0 skupaj z diferenčno mapo F0-Fc. Ta
mapa izgleda kot popravljeni model in je navadno statistično najmanj pristranska mapa
elektronske gostote. Mapo elektronske gostote proteina boste vizualizirali tudi v okviru
aktivnosti pri Vaji 2.
Slika 7. Shematski prikaz F0-Fc in 2F0-Fc diferenčne mape.
Tako določeno optimizirano 3D strukturo proteina skupaj s preostalimi eksperimentalnimi
rezultati (npr. mapa elektronske gostote, diferenčne mape, itd.) nato deponiramo v PDB (ang.
Protein Data Bank) banko struktur bioloških molekul. Koordinate strukture so navadno
dostopne v molekulskem formatu pdb. Povejmo še, da datoteka pdb ne vsebuje le koordinat
atomov, ampak še veliko drugih uporabnih podatkov: od podrobnosti
kristalografske/difrakcijske meritve, do naštetih aminokislin, ki so bile slabše ali sploh ne
zaznane v mapi elektronske gostote, podatkov o osnovni celici itd. Vse te informacije nam
omogočajo vizualizacijo proteinske molekule ter kompleksnejše razumevanje pridobljenih
podatkov.
56
