Page 24 - Perdih, Andrej, Katja Lakota, Alja Prah. 2020. Strukture bioloških molekul. Univerzitetni učbenik z recenzijo in navodila za vaje. Koper: Založba Univerze na Primorskem.
P. 24
andrej perdih, katja lakota, alja prah
Zaradi neplanarnosti deoksiriboze lahko ob dehidraciji nastane A-DNA konformacija, ki je širša.
Višina enega obrata je 26 Å, tvori ga 11 baz in ima nagnjene baze, kar rezultira v globokem in
ozkem glavnem žlebu in širokem in plitkem malem žlebu, centralno pa je prazen prostor.
Pomembna je za zanesljivost podvajanja DNA in je prisotna na aktivnem mestu DNA
polimeraze. Občasno se pojavi tudi Z-DNA oblika, ki je edina levosučna oblika dvojne vijačnice.
Pojavi se ob visokih koncentracijah kationov spermina in spermidina, na mestih metilacije
citozina in blizu promotorjev aktivno transkriptiranih genov.
Slika 22. Konformacije A, B in Z oblike dvojne vijačnice DNA.
3.3. KVARTARNA STRUKTURA DNA
DNA se v evkariontski celici s proteini (histonskimi in nehistonskimi) povezuje v kromatin. Te
povezave so nujne za superzvitje DNA in za regulacijo procesov v celici (aktiviranje/zavrtje
transkripcije, popravilo in podvajanje DNA). DNA je v in vivo pogojih polianion in veže pozitivno
nabite proteine. Med meiozo in mitozo se kromatin poveže še tesneje, vidni so kromosomi.
Človek ima 23 parov kromosomov. Osnovni del kromatina so nukleosomi (približno 146 baznih
parov DNA povezanih z 8 histoni) in so povezani s povezovalno DNA.
3.4. SEKUNDARNA IN TERCIARNA STRUKTURA RNA
Za razliko od DNA se RNA ne povezuje v dvojno vijačnico s komplementarno verigo. Vseeno pa
se RNA veriga pogosto zvije in komplementarni deli tvorijo urejene sekundarne strukture -
helikse. Nekateri virusi vsebujejo celotno genetsko informacijo v obliki RNA genoma. RNA je
sestavljena iz štirih nukleotidov (adenin, citozin, gvanin in uracil). V procesu zorenja RNA pa
lahko nastajajo tudi modificirani nukleotidi (čez 100 različnih modifikacij, katerih vloga še ni v
celoti pojasnjena – npr. pseudouridin, ribotimidin), največ jih je prisotnih v tRNA. Ker je RNA
negativno nabita, so za stabilizacijo sekundarnih in terciarnih struktur potrebni kovinski ioni
(Mg2+). Ker RNA zavzame kompleksne 3D strukture, so ugotovili, da poleg prenosa genetskega
zapisa RNA lahko opravlja tudi druge funkcije, na primer katalizo reakcij. Te RNA molekule
imenujemo ribocimi. Tako RNA sodeluje v sintezi, regulaciji in procesiranju proteinov.
24
Zaradi neplanarnosti deoksiriboze lahko ob dehidraciji nastane A-DNA konformacija, ki je širša.
Višina enega obrata je 26 Å, tvori ga 11 baz in ima nagnjene baze, kar rezultira v globokem in
ozkem glavnem žlebu in širokem in plitkem malem žlebu, centralno pa je prazen prostor.
Pomembna je za zanesljivost podvajanja DNA in je prisotna na aktivnem mestu DNA
polimeraze. Občasno se pojavi tudi Z-DNA oblika, ki je edina levosučna oblika dvojne vijačnice.
Pojavi se ob visokih koncentracijah kationov spermina in spermidina, na mestih metilacije
citozina in blizu promotorjev aktivno transkriptiranih genov.
Slika 22. Konformacije A, B in Z oblike dvojne vijačnice DNA.
3.3. KVARTARNA STRUKTURA DNA
DNA se v evkariontski celici s proteini (histonskimi in nehistonskimi) povezuje v kromatin. Te
povezave so nujne za superzvitje DNA in za regulacijo procesov v celici (aktiviranje/zavrtje
transkripcije, popravilo in podvajanje DNA). DNA je v in vivo pogojih polianion in veže pozitivno
nabite proteine. Med meiozo in mitozo se kromatin poveže še tesneje, vidni so kromosomi.
Človek ima 23 parov kromosomov. Osnovni del kromatina so nukleosomi (približno 146 baznih
parov DNA povezanih z 8 histoni) in so povezani s povezovalno DNA.
3.4. SEKUNDARNA IN TERCIARNA STRUKTURA RNA
Za razliko od DNA se RNA ne povezuje v dvojno vijačnico s komplementarno verigo. Vseeno pa
se RNA veriga pogosto zvije in komplementarni deli tvorijo urejene sekundarne strukture -
helikse. Nekateri virusi vsebujejo celotno genetsko informacijo v obliki RNA genoma. RNA je
sestavljena iz štirih nukleotidov (adenin, citozin, gvanin in uracil). V procesu zorenja RNA pa
lahko nastajajo tudi modificirani nukleotidi (čez 100 različnih modifikacij, katerih vloga še ni v
celoti pojasnjena – npr. pseudouridin, ribotimidin), največ jih je prisotnih v tRNA. Ker je RNA
negativno nabita, so za stabilizacijo sekundarnih in terciarnih struktur potrebni kovinski ioni
(Mg2+). Ker RNA zavzame kompleksne 3D strukture, so ugotovili, da poleg prenosa genetskega
zapisa RNA lahko opravlja tudi druge funkcije, na primer katalizo reakcij. Te RNA molekule
imenujemo ribocimi. Tako RNA sodeluje v sintezi, regulaciji in procesiranju proteinov.
24
